運輸科學系原名「航海技術系」，創立於1985 年，2010 年 8 月 1 日調整轉型，並更名為運輸科學系，以培育整合海運科技與運輸配送所需之運輸工程專業人才。

運輸科學系以「海運科技」與「運輸配送」兩大專業領域為發展主軸,以海洋智慧型運輸科技、國際運輸及倉儲配送為研究方向，

以海洋運輸之學理基礎結合航海與運輸資訊科技以提昇航運安全與效率為目標，藉以強化我國海運經營規劃之國際競爭力

運輸科學系以「海運科技」與「運輸配送」兩大專業領域為主,研究方向包括:

1. 海洋地理資訊系統、電子海圖、電子航儀

2. 貨物裝載運輸、倉儲、物流、國際貨物運輸技術;

3. 船舶操縱與模擬、船舶交通服務系統、港灣建設與規劃;

4. 運輸規劃與政策:運輸經濟、運輸規劃、運輸政策;

5. 運輸工程與技術:交通工程、交通控制、智慧型車路系統、運輸工程、運輸地理資訊系統等;

6. 運輸經營與管理:公民營陸海空運及都市運輸業之經營管理、運輸管理資訊系統等;

7. 物流倉儲與行銷。

運輸科學系理論與實務並重,畢業出路寬廣,畢業校友投入運輸、物流領域皆表現出色,包含:

1. 政府機構:中央及地方交通單位及運輸研究機構。

2. 交通運輸:航運、空運、鐵公路、高鐵及捷運等客貨運事業單位與公司。

3. 顧問公司:公民營工程顧問公司。

4. 物流行業:物流管理、國際運籌管理、倉儲管理、採購管理、生產管理等工作。