運輸科學系成立於民國74年，本系以培養具有人文素養之基礎與應用能力之國際運輸與物流人才，致力於國際運輸與物流相關領域之學術應用發展為教育目標，其定位為「兼具卓越教學與海洋特色研究之運輸科學系」。

依「海運科技」與「運輸配送」為重點發展方向，以海洋智慧型運輸科技、國際運輸、倉儲與配送為研究方向，目標培育整合型國際運輸與物流專業人才，提昇未來在國際運輸與物流領域所需求之高科技人才競爭力。

本系為努力邁向全方位國際運輸與物流領域的專業系所，其總體發展目標朝向：培養具有人文素養之基礎與應用能力之國際運輸與物流人才、致力於相關領域之學術應用發展、充實教學資源與提升整體學習環璄、重視產學合作與實習。